Os Conselhos de Fonoaudiologia são compostos por fonoaudiólogos devidamente habilitados ao exercício da profissão, os quais são eleitos através de eleição direta pela maioria dos votos dos demais fonoaudiólogos registrados no Conselho.
Entende-se como profissional devidamente habilitado ao exercício da profissão, o fonoaudiólogo regularmente inscrito e em dia com suas obrigações perante o Conselho de sua respectiva jurisdição.
Após eleitos, esses fonoaudiólogos passam a integrar o Colegiado do órgão, recebendo então a denominação de Conselheiro Efetivo ou de Conselheiro Suplente.
A cada 03 (três) anos, o Colegiado é renovado, ocasião em que são eleitos 20 (vinte) Conselheiros, sendo 10 (dez) Efetivos e 10 (dez) Suplentes.
O voto para renovação do Colegiado dos Conselhos é obrigatório e deve ser exercido por todos os fonoaudiólogos registrados, segundo o que determina o art. 8° da lei 6.965/81. O não exercício do voto acarreta multa ao profissional que deixar de fazê-lo.
Qualquer fonoaudiólogo, por ocasião das eleições, pode se candidatar ao cargo de Conselheiro Efetivo ou Suplente, desde que satisfaça as condições previstas no Regimento Eleitoral que é elaborado pelo Conselho e que integre uma chapa, juntamente com outros fonoaudiólogos, para concorrer à eleição.
Colegiado: a cada três anos ocorre eleição direta para o conselho (votação obrigatória dos fonoaudiólogos) e indireta para o Conselho Federal, para a escolha de uma chapa composta por 20 fonoaudiólogos que assumirão a gestão do Conselho pelo triênio seguinte. O colegiado é, portanto, composto por 10 membros efetivos e 10 membros suplentes.
Plenário: os dez membros efetivos compõem o plenário, órgão deliberativo e soberano dos Conselhos de Fonoaudiologia. Estes membros reúnem-se em intervalos máximos de três meses em reuniões denominadas Sessões Plenárias Ordinárias para discussão das principais diretrizes do Conselho.
Diretoria: a diretoria é composta por quatro conselheiros efetivos, escolhidos pelo plenário, que assumem as funções de presidente, vice-presidente, secretário e tesoureiro. A diretoria é órgão executivo do Conselho e de apoio ao Plenário. Dentre seus membros, o presidente tem como principal função representar legalmente o Conselho.
Comissões: formadas por conselheiros, são auxiliares do Plenário e Diretoria e possuem finalidades específicas. Cada Conselho poderá criar comissões de acordo com a necessidade da região. No entanto, três são obrigatórias: Comissão de Ética, Comissão de Orientação e Fiscalização e Comissão de Tomada de Contas.
Assessorias: são desempenhas por profissionais e empresas habilitadas e competentes para exercerem atividades específicas junto ao Conselho, como assessorias Jurídica, Contábil, Comunicação, Imprensa, Informática, Parlamentar e Técnica.
Funcionários administrativos: os Conselhos dispõem de funcionários no setor administrativo, contratados por meio de concurso público.
Fiscais: os Conselhos Regionais possuem fiscais fonoaudiólogos contratados por meio de concurso público que realizam o trabalho de orientação e fiscalização do exercício profissional. Isto é, eles explicam, socializam e informam o fonoaudiólogo sobre questões éticas, legais e técnicas do exercício fonoaudiológico. Salienta-se que pode ser designado um conselheiro para exercer o papel de fiscal em situações específicas, na falta do fiscal.